تتركز أخطار العلاج بالخلايا الجذعية في أمرين:
الأول: متعلق بنوع الخلايا المزروعة في جسم الإنسان المراد علاجه، حيث يتم تحديد الخطر الممكن للخلايا المزروعة إعتماداً على نوعها وقدرتها والمصدر الذي أخذت منه وكذلك العوامل التي تعرضت لها الخلايا بعد أخذها من المصدر وقبل زراعتها في الجسم. أمّا الخلايا الأكثر أماناً فهي تلك المأخوذة من نفس المريض Autologous حيث لا يرفضها الجسم ولا تقوم بمهاجمة الجسم كونها جزءاً منه، ولكن يأتي مع هذا الأمان نقص في قدرة هذه الخلايا على العلاج وخصوصاً في علاج الأمراض المزمنة كون الخلايا عمرها يساوي نفس عمر المريض المأخوذة منه فإن كان المريض طفلاً أو شاباً فلا ضير من ذلك ولكن إذا كان المريض كهلاً فإن قدرة الخلايا على العلاج والتحول إلى خلايا متخصصة تقل مع تقدم العمر. وأكثر الخلايا أماناً بعد الخلايا الذاتية هي خلايا الحبل السُّرّي للمواليد لأنها غير مُعرَّفة كخلايا غريبة عن الجسم، وتأتي بعد ذلك الخلايا الأقل أماناً وهي الخلايا الجذعية البالغة المأخوذة من شخص آخر حيث من الممكن أن يرفضها الجسم كونها غريبة وهناك إمكانية أن تحفِّز هذه الخلايا هجوماً من جهاز المناعة في الشخص المزروعة فيه نحو العضو الذي زُرِعت فيه، بالإضافة إلى أن زراعة خلايا جذعية غير نقية قد تحتوي على خلايا مناعية قد تقوم بمهاجمة الجسم وتسبب اشكالات مرضية خطيرة.
الثاني: متعلق بنوع العملية التي تجرى للمريض لزراعة الخلايا الجذعية، حيث أن هناك احتياطات واجراءات ضرورية كما هو الحال في العمليات الجراحية وأي خلل أو إهمال سيؤدي الى مضاعفات.