تنقسم الأمراض التي يمكن علاجها بإستخدام الخلايا الجذعية إلى ثلاثة أنواع:
– النوع الأول: أمراض تم علاجها بنجاح ولها طرق علاجية روتينية مثبتة علمياً وموافَق عليها عالمياً مثل السرطان وإعادة بناء نخاع العظم بعد العلاج الكيماوي أو الإشعاعي، والأمراض الوراثية مثل الثلاسيميا وأمراض نقصان المناعة والأمراض المتعلّقة بنقص القدرة على البناء والهدم.
– النوع الثاني: ويتضمن أمراض تم استخدام الخلايا الجذعية في علاجها بشكل مكثف في السنوات العشر الماضية في شتى أنحاء العالم وفيها نتائج مشجعة ويطغى عليها طابع النجاح بشكل عام ولكنها لم تُعتمد بعد كطريقة علاجية روتينية في الكثير من الدول، ومنها أمراض القلب والكبد والسكري والعقم والأمراض العصبية مثل الشلل والزهايمر وغيرها.
– النوع الثالث: فما زالت الأبحاث في بدايتها وبها نتائج متفاوتة بين الفرق العلمية، ولكن قد يكون لها مستقبل واعد مع مرور الوقت مثل الفشل الكلوي وفقدان البصر.
وتتفاوت قدرة الخلايا الجذعية على علاج الأمراض المختلفة حسب المرض وحسب مقدرة الفريق المعالج في الحصول على الخلايا الجذعية المناسبة لكل مرض وطريقة الحصول عليها وكذلك طريقة العلاج بها.